Но, бидејќи основните проблеми на источното прашање останаа нерешени, наскоро по Цариградската конференција избувна Руско-турската војна (1877-1878). Во неа најактивно учество зедоа македонските доброволни единици што ги поминаа сите жестоки битки низ Бугарија и стигнаа дури до Источна Македонија. Тука тие се споија со вооружените формации на Димитар Поп Георгиев Беровски што ги држеше уште од Разловечкото востание.

Војната заврши со Санстефанскиот прелиминарен мировен договор од 3 март 1878 година, по кој дојде и Берлинскиот договор кој Македонија повторно и ја врати за полно владеење на Турција. Со таквиот однос Македонците повторно беа измамени, напуштени, па револтирани од берлинските решенија, уште кон крајот на 1878 година го креваат познатото Кресненско македонско востание.

На 5/17 октомри 1878 година, четите на војводите Димитрија Беровски и Стојан Карастоилов со 400 востаници го нападнаа гарнизонот во селото Кресна, поради што тоа и го добива името Кресненско востание. Откако борците ќе го истиснат турскиот гарнизон, востанието ќе се прошири и во 35 села на Каршијак, појас од двете страни на реката Струма.

Истовремено во Разлошкиот крај доаѓа до нови востанички превирања. По успешниот тек на востанието, востаниците организираат народно- востаничка власт на ослободената територија. За воен раководител и прв војвода е избран Стојан Карастоилов. Најнапред се основани повеќе востанички чети и донесени се решенија за создавање коњица, за отворање касарна и слично.

На чело на сите востанички формации стоеше Штаб на македонските востаници, со учество на повеќемина војводи кои го избраа Димитар Беровски за свој началник. Штабот располагаше со сопствен печат што го носеше називот "Печат на началникот на Штабот на македонското востание, 1878 година", со што всушност беа одредени името и карактерот на востанието. А целта на Кресненското македонско востание најдобрио се согледува во "Правилата на македонскиот востанички комитет" и во "Уставот на македонското востание" напишани во 1878 година.

Штабот на востанието се однесуваше како легитимен и единствен претставник на македонскиот народ. Освен со административно-политички прашања, Штабот се занимаваше и со воени задачи и вршеше функција на привремена востаничка македонска влада. Беа основани и највисоките органи на цивилната и воената заштитна власт: полициско начелство, старешински совет, селски милиции, месни старешини и слично.

Софискиот комитет "Единство" испраќа свои емисари (Калников, Војткевич и други), во обид да предизвика незадоволство и расцеп во редовите на раководството. Нивниот обид тоа да го сторат со мирни средства ќе се покаже неуспешен поради отпорот што го даваа востаниците, па затоа на спиење ќе ги убијат војводата Карастоилов и неговите најблиски соработници , а началникот на Штабот на востанието, Димитар Беровски е затворен.

Овие настани ќе предизвикаат деморализација сред востаниците и осипување на четите. Привремениот избор на Мирослав Хумбаер на чело на новиот штаб нема многу да ја подобри состојбата. Затоа, на 6 јуни 1879 година, Митрополитот Натанаил Кучевишки, кој за цело време на востаничкиот период игра посредничка улога, заповеда четите да се расформираат, а пушките и муницијата да се собираат и да се складираат. Со тоа заврши и востанието.

Карактерот на Кресненското востание најдобро се гледа од "Правилата - Уставот на македонскиот востанички комитет" од 1878 година.

"Познато ни е на сите нас дека злосреќната земја Македонија поради причини на егоистични цели од страна на големите сили, е оставена пак на Турција по Берлинскиот конгрес. Како резултат на тоа во одделни области на нашата татковина дојде до многу крвави сцени, познати секому. Во желбата да го отфрлиме од нашата татковина турскиот јарем, секој од нас, кој колку што може, станавме да се жртвувавме, бидејќи секому од нас ни е нужна помош. Ние востанавме како поборници на слободата. Со нашата крв што ја пролеваме низ полињата и горите македонски, ние служиме како македонска војска на Александар Македонски за слободата со нашата девиза: Слобода или смрт!".

Македонскиот востанички комитет јасно ја дефинира "Целта на Востанието во Македонија" во девет точки и ги дава "воените правила за македонската војска, каде што во 130 члена се озаконува целокупниот ред, и тоа не само во востаничкиот состав.

"Македонската востаничка војска, освен од редовни востанички сили, се состои од целото македонско население во ослободените и неослободените краишта, па секој на некаков начин е македонски војник: машко или женско, стар или млад, должен е колку што може и со што може, да му помага на востанието... Откако се уверивме дека не е можно да се крене Востанието во сите делови на Македонија, ние решивме да се дигне локално востание во Источната област, и ослободивме многу села и населени места со внатрешни сили. Меѓутоа, пред нас стои големата задача да ја ослободиме целата наша татковина Македонија. Ние сега водиме герилска војна со турците, но имаме намера да испратиме востанички чети внатре во Македонија за да се крене востание и таму".

Понатаму во текстот се направени анализи, распоредби на војводите и четите што треба да отпатуваат во другите реони на Македонија.

Карактерот на Кресненското востание се гледа и во членот 132, но и во последниот дел од документот (чл. 182-211) што ја одредува и надворешната политика на Востаничкиот комитет и ги дефинира односите со соседите и со големите сили.

Член 132: "Нашето македонско востание е внатрешно и ние го водиме со свои сили, па блиските окрузи во Бугарското Кнежество немаат братски пристап и нашите пратеници ги враќаат без да им дадат оружје, бидејќи ние немаме достапност за да можеме да им помогнеме на нашите браќа Македонци внатре во Македонија".

Член 134: "Македонците што живеат во туѓина и сакаат да го помогнат ослободувањето на својата мила татковина од ропството, можат да земат учество во востанието ако понесат со себе оружје и облека".

Член 182: "Македонското востание е внатрешно, но тоа не може да успее ако не ја убедиме Европа за нашата ослободителна борба. Востанието пред европските држави ќе го претставува Македонскиот востанички комитет и луѓето што тој ќе ги определи надвор од Македонија".

Член 184: "Во Европа веќе се зборува, а гласовите постепено стануваат посилни во корист на нашиот народ".

Должноста на Македонскиот востанички комитет е да ги појаснува целите на Востанието така што да се разбере вистината дека нашата борба е ослободителна и нема да наштети на правата на другото население во Македонија.

Член 190: "Со окружни писма до сите добротворни комитети до Европа да се испрати еден мемоар за неопходните нешта за поткрепа на Македонското востание. Во мемоарот ќе се искаже нашата вера во правдината и користа на нашето свето дело: Ние не се очајуваме, но продолжуваме да работиме енергично и неуморно за постигнувањето на нашата цел - ослободувањето на Македонците од турското ропство, бидејќи турската власт не сака да го приложи членот 23 од Берлинскиот договор".

Член 194: "Нашите Македонци, дедовци и татковци, се бореа и си ја пролеваа својата крв за слободата грчка и српска, за ослободувањето на Бугарија, не пожалија живот за општата слобода наша. Сега е време тие да се покажат како вистински потомци на славните свои ослободители и следбеници на своите врсници да им помогнат за ослободување на Македонија од петвековното ропство".

Член 208: "Македонскиот востанички комитет озаконува сите Македонци да ги исполнуваат наредбите на овие Правила - Устав без поговор до ослободувањето на Македонија и до донесувањето на мирновременскиот Устав на автономна Македонија".