Во тој зелен комплекс се наоѓа прекрасна црквичка со богат мозаик од фрески, со богат и мошне убав иконостас кој порано бил своина на убавата скопска црква "Св. цар Константин и Царица Елена" кој се наоѓал во сегашниот комплекс на Трговскиот центар. За време на скопската катаклизма од 1963 година бил оштетен, а потоа бил срушен неправедно од тогашните власти на едноумието.

Иконостасот сега го краси овој мал убав манастир и претставува богата ризница на македонската црковна иконографија. Во кругот на манастирот исто така се наоѓа резиденцијата на Поглаварот на Македонската православна црква, Неговото Блаженство г.г. Стефан. Претходно тука биле сите блаженоупокоени поглавари на МПЦ - г.г. Доситеј, основоположникот на автокефалноста на Македонската православна црква, г.г. Ангелариј, г.г Гаврил и г.г. Михаил. Резиденцијата сега е реставрирана и претставува прекрасен објект. Манастирот одржува редовни богослужби и е секогаш посетен од верниците, следбеници на вистинската духовност.

Ова благопочитувано манастирско светилиште е вистинска оаза за оние кои ја сакаат благотворната духовност која овде протечува во една мирна богоугодна богослужба. Молитвите во овој мал манастирски храм претставуваат посебна топлина и побожност и дар, за духовна благодет и молитвата упатена кон Господа.

Во црквата се наоѓа чешмиче со света вода од која се мијат и пијат многу верници и од другите вероисповеди, посебно Ромите кои заедно со македонските христијани се молат за здравје, љубов и исцеление од разни болести.

Манастирот за своја патронска слава го има "Св. Ѓорѓија" - 6 мај, кога тој вивнува во вистинско ѓурѓовденско славје за илјадници верници од нашиот град.

Црквата внатре се уште е во изградба. Се врши фрескосликање, изграден е новиот олтар кој ќе си го добие својот постојан свет облик, и така црквата ќе претставува прекрасно светилиште и ќе ги пренесува сите богомисли. Во овој манастир редовно се одржуваат познатите христијански собири во вид на панаѓури каде се собираат многу верници. Ќе ги наведеме сите празнувања на Свети Јован Крстител: неговото раѓање, неговата смрт, како и денот 20 јануари кога се слави големиот лик на Јован Крстител, кој во реката Јордан го крстил спасителот Господ Исус Христос. На 11 септември секоја година се одржува храмовата слава на "отсекувањето на главата на Свети Јован". Тој ден непрегледна маса верници како река се точи кон храмот, со молитва за здравје и љубов кон Светителот. Тој ден се дава ручек со посен грав, бидејќи е строг пост, и тоа го приредува старешинството и домаќинството на манастирот. Исто така на Балаклија - Источен петок во рамките на светлата седмица веднаш по Велигден се одржува голем верски собир.

Оваа прекрасна манастирска оаза е и место за одмор на граѓаните од наведената населба и претставува духовно светилиште, мошне драго и сакано од граѓаните од нашиот главен град.

Манастирот "Свети Јован Крстител" сега е под раководство на отец Чедо Џепиќ.