Во таква атмосфера се изградуваше младата генерација македонски интелектуалци кои длабоко проникнаа во желбите и стремежите на сопствениот народ и стануваа нивни вистински изразители.

На 21 октомври 1872 година, во некогашната лулка на Богомилството, село Богомила, во семејството на поп Илија и презвитера Ѕуна Поп Арсова, се роди нивниот втор син Петар.

Раното детство го минува во своето потесно семејство коешто беше предадено на развојот на црковно-училишното дело. Во Богомила Петар се стекнува и со своето основно образование. Првото негово бунтовно истапување датира уште од раната младост и е насочено против бугарската просветна политика во Македонија. Тоа се случува за време на нередите во Солунската егзархиска гимназија, во учебната 1887/88 година. Подвоеноста кај наставниот кадар во гимназијата вешто беше искористена од македонските ученици кои го поставија прашањето за отфрлање на бугарскиот јазик од наставата и негова замена со македонскиот народен говор. Со бунтот раководеше конспиративен ученички кружок кој беше управуван од Петар Поп Арсов и Даме Груев. Како последица следуваше исклучување на 38 ученици во гимназијата, меѓу кои и нивниот организатор Петар Поп Арсов.

Привлечните ветувања на српската пропаганда во Македонија и желбата за наобразба го доведоа Петар Поп Арсов на школување во Белград каде што во учебната 1888/89 година ќе се запише на Филозофскиот факултет - оддел филологија. Меѓутоа, и тука ќе се соочи со српската денационализаторска политика која ќе резултира со нови судири и бунтувања. Во Белград, Поп Арсов ги убедуваше своите сонародници дека тие не се Срби и дека треба да се спротивстават на секаков асимилаторски обид. Поради таквото однесување, во почетокот на 1890 година беше исклучен од Високата школа во Белград.

Нов момент во образовниот процес на Поп Арсов претставува неговиот студиски престој во Софија. Горчливото искуство од српската и бугарската денационализаторска и асимилаторска политика кон Македонците ќе го поттикне, веќе како зрела личност, да размислува и бара начини за организирано спротивставување на странските пропаганди во Македонија, а истовремено и да крои планови за ослободување на сопствената држава од долговековното ропство.

Прв порешителен чекор во таа насока претставува организирањето на Македонското студентско друштво во Софија во кое Поп Арсов беше истакнат активист. Целиот терор и туѓите пропаганди што го делат народот македонски на Срби, Грци и Бугари, а тоа посебно беа прифатени и доразвиени од Младата македонска книжевна дружина, кои пак вешто беа лансирани преку списанието "Лоза", под редакторство на Петар Поп Арсов. Покрај настојувањето да застане на патот на странските пропаганди во Македонија, "Лоза" го покрена и прашањето за изградување литературен јазик и правопис. Петар Поп Арсов е првиот Македонец кој за меките консонанти ја употреби формата на графемите, онака како што Мисирков тоа го направи по 11 години.

Револуционерниот живот на Петар Поп Арсов започнува со неговото враќање во Макдонија во средината на 1892 година. Тогаш тој влегува и во плановите на Иван Хаџи Николов за формирање револуционерна организација во Македонија. Идејата се реализираше веќе следната 1893 година, а Поп Арсов ја имаше честа да се вброи меѓу шестемина величенствени Македонци - осовоположници на Македонската револуционерна организација.

Појавата на МРО претставува почеток на една организирана борба со јасна определена цел и политичка програма. Во тоа време, Петар Поп Арсов ќе се истакне како висок интелект и идеолог. Тој го подготви првиот устав на организацијата и за нејзините потреби ја напиша брошурата "Стамболовшчината во Македонија и нејзините претставници", во која под псевдонимот Вардарски успешно ја демаскира бугарската денационализаторска политика во Македонија што се спроведуваше преку Егзархијата: "Егзархијата дава пари и купува ветер, зашто народност со пари не се купува - тоа е такво деликатно нешто кое штом сети дека пазариш изветрува...".

Дејноста на Петар Поп Арсов до Солунскиот конгрес 1896 година беше насочена кон отстранување на последиците од српската и бугарската пропаганда во Македонија. Се истакна и како организатор и раководител на МРО, ширејќи ја нејзината мрежа и идеи во Солун, Велес и Прилеп.

Значајно место во револуционерниот живот на Поп Арсов зазема периодот септември 1896 - 1902 година. Од почетокот на септември 1896 година тој работи во Штип како директор на егзархиските училишта, а во исто време е и претседател на Окружниот комите на ТМРО. Неговата девиза е: "Секој што однадвор ќе ни ја подари слободата, ќе ни ја земе земјата". Во тоа време, Штипскиот окружен комитет е од особена важност за ТМОРО, зашто оттука минуваат позначајните организациони канали кон Бугарија, за чие беспрекорно функционирање се грижеше Петар Поп Арсов. Неговата плодотворна работа во Штип беше прекината со избивањето на Виничката афера во ноември 1897 година.

Таа претставува голем удар за Организацијата и нејзино разоткривање пред османлиската власт и пред преостанатата јавност. Петар Поп Арсов беше обвинет заради "организирање востание" и беше осуден на 101 година затвор во окови од специјалниот воен суд. Во август 1898 година беше префрлен од скопскиот затвор во малоазиската тврдина Подрум - Кале каде што ќе остане до 19 август 1902 година, кога беше амнестиран.

По враќањето од заточение, Поп Арсов во Македонија ќе затекне значително изменета состојба. Тој ќе остане пасивен во подготовките и во текот на Илинденското востание. По востанието, во почетокот на 1904 година, беше назначен за член на ЦК на ТМОРО. Меѓутоа, имајќи ја предвид нефункционалноста на ЦК во тој период, поттикнат од Ѓорче Петров, Поп Арсов ќе се повелече од работата во него, во очекување на нов општ конгрес на организацијата. Во овој постилинденски период тој ќе застане на страната на реформско-демократските сили кои се застапуваат за коренита децентрализација на ТМОРО. Од страна на Солунскиот револуционерен округ беше избран за задграничен претставник на округот.

На Рилскиот конгрес во 1905 година, Петар Поп Арсов беше избран за член на Претставничкото тело на ВМОРО. Во прво време, поради разидувањето со Даме Груев, тој одбиваше да ја прифати должноста, меѓутоа откатко ја прифати инсистираше на доследно почитување и спроведување на новите нормативни акти на ВМОРО, донесени на Рилскиот конгрес.

Како член на Претставничкото тело на ВМОРО, двапати беше притворан од страна на бугарските власти. За издигнување на автономистичкиот принцип и одбрана на самостојноста на македонското национално движење, Петар успешно ги изведе подготовките за издавање на списанието "Македонија".

За време на Младотурската револуција, Поп Арсов се врати во Македонија и зема активно учество во работата на Народната федеративна партија. Тој учествува на парламентарните избори во 1908 и 1912 година.

Поп Арсов доаѓа до сознание дека странските пропаганди во Македонија успеваат поради непостоењето на македонска независна црква и независно образование. Поаѓајќи од оваа идеја, во 1910 година за нејзино реализирање тој се поврза со поранешниот скопски митрополит Теодосиј Гологанов кој беше поборник за обновување на Охридската архиепископија и со истакнатиот македонист Крсте Петков Мисирков. Сепак, нивните идеи останаа нереализирани од објективни причини.

Во текот на Првата балканска војна, Поп Арсов се повлекува во Велес каде ќе се обиде да ги собере Македонците од сите идејни групации и организирано да настапат пред јавноста и пред надлежните меѓународни фактори. За таа цел, ќе организира една семакедонска конференција на која учествуваше и Димитрија Чупоски како претставник на македонската колонија во Санкт Петербург. Собирот ги ополномошува Поп Арсов и Чупоски да отпатуваат во Европа за да го постави македонското прашање на Мировната конференција.

По Балканските војни, Петар Поп Арсов емигрира во Бугарија, каде од 1914 година работи како професор во Костенец. Тој е единствен основоположник на МРО кој го потпиша Апелот на Привременото претставништво на поранешната ВМРО, со кој се бараше воспоставување на самостојна независна држава на Балканот во нејзините природни и географски граници.

Неговите идеали за независна македонска држава беа погребани со решенијата на Париската мировна конференција која со мала модификација ја потврди одлуката на Букурешкиот мировен договор.

Разочаран од таквиот расплет на македонското прашање, Поп Арсов се повлекува од јавната политичка сцена по 1920 година.

Животната приказна на Петар Поп Арсов завршува по неговото кратко боледување на први јануари 1941 година.